应北京大学的邀请，2009年7月6日至7日，西安交大附中王佩东校长对北大进行了为期两天的友好访问。同时，应邀访问的还有人大附中校长、北京四中校长、上海中学校长等80余所国内一流中学的校长。

7月6日下午，在北大博雅国际会议中心，王佩东校长参加了“北京大学自主招生研讨会”。会上，王佩东校长介绍了西安交大附中近年来的发展及给北大输送人才的情况。就北大自主招生的话题，王佩东校长认为，自主招生是一个很好的选拔优秀人才的方法和途径，希望北大能以更加开放的姿态和灵活的方式选拔优秀人才。

7月7日上午，王佩东校长应邀参加了北京大学2009年本科生毕业典礼暨学位授予仪式，北京大学党委书记闵维方、校长周其凤等领导及许多著名学者等出席了毕业典礼。2009年北京大学共有3000多名本科学生顺利完成学业，获授学士学位。莘莘学子心，浓浓恩师情。在典礼上，王佩东校长与在北大今年刚完成本科学业的西安交大附中学子师安、史钞、路桐等同学欢聚一堂，师安等同学身着学士服，代表北大即将毕业的西安交大附中学子，向王佩东校长献上了一大束美丽的鲜花，表达对母校质朴的、深厚的感激之情。

典礼结束后，在北大博雅国际会议中心，王佩东校长与北京大学及清华大学今年刚完成本科学业的部分西安交大附中学子欢聚一堂，认真听取了每一位同学大学四年的学业情况及学业感悟，还关心地询问了同学们的毕业去向，并代表母校祝福他们鹏程万里，并指出在前进的路上母校永远都是他们坚实的后盾。会谈在温暖、感恩的氛围中进行，最后，王佩东校长与同学们一起合影留念。

此次访问交流活动，陕西省有两所示范高中受邀参加。在为期两天的考察访问中，王佩东校长还与北京大学校长周其凤院士等多位校领导就素质教育和人才培养等教育议题进行了交流和探讨。