蚌埠三中原是教会办的一所中学，时至今日，已走过了90多个春秋。1922年，外国籍的天主教传教士，先后在蚌埠办起修道院。为了扩大影响，第二年又在天主堂附近办了一所小学，定名崇正小学。崇正小学开始只一、二年级，随着学生的逐年升级，到1928年前后，已发展成为六年制的完全小学。当时有一部分学生小学毕业后，仍留下来继续就读，这样就自然形成了初中“戴帽子”班，这就是后来崇正中学的前身。1935年秋，女修道院在二马路（现在的凤阳路第二小学处）创办了崇正女子中学；1939年秋，男修道院在大马路天桥东创办了崇正男中。1945年抗战胜利后，天主教会组织成立了崇正中学校董会，将两所学校合并为崇正中学，设男生部和女生部。由于该校聘用教学能力较强的教师任教，加之学规严格，学生的文化知识素质优于一般中学，因之学校规模逐渐扩大。蚌埠解放前夕，崇正中学师生组织起来继续上课，迎接蚌埠解放。1952年元月，崇正中学由人民政府接办，更名为“安徽省蚌埠第三中学”。1953年12月，学校迁到龙子湖区施家洼新校区，新建了教学楼、实验室、图书室、礼堂、学生宿舍等建筑，教学设施较为齐全，面貌一新。更为深刻的变化是教育方针。“向工农开门”，使工农子弟迅速增加，1957年达到全校学生的70%。同时，开始发展高中教育。在教育与生产劳动相结合的方针指导下，学校的勤工俭学活动，曾在当时产生了重大影响。1958年10月17日，因教育改革成果显著，国家领导人刘少奇同志亲临学校，视察了蚌埠三中。1958年蚌埠三中被确定为省重点中学。1964年，高中毕业参加高考的成绩居全市中学首位。蚌埠三中自1984年开始，被列为对外开放学校，与日本国摄津市第三中学结为友好学校，先后四次接待外国友好人士的参观访问，1996年8月，香港爱国人士邵逸夫先生捐款兴建的“逸夫教学楼”竣工使用，学校的教学条件进一步得到改善。蚌埠三中现在是市区面积最大的一所省级示范高中，占地60000平方米。整个校园布局合理，极富文化氛围，是学习修业的理想场所。
进入新世纪，蚌埠三中被省教育厅确定为“安徽省示范高中”，开始步入快速发展的轨道。“让每一个学生都得到充分发展，使他们拥有一个心智健康、充满智慧的人生”的全新办学理念，使这座栉风沐雨、崇正求真的老校，正在谱写出培桃育李的精彩华章。经过多年的努力，蚌埠三中已经打造出一支业务水平高、勇于改革、乐于奉献的教师队伍，为实现学校可持续发展打下了坚实的基础。蚌埠三中183名专任教师，都具有大学本科学历，23人具有硕士研究生学历。现有市级学科带头人8人，省、市级教坛新星12人，市青年骨干教师7人，多人次在省、市级各类教学比赛中获得佳绩。近年来每年均有多人晋升中学高级教师职称，先后共培养出7名安徽省特级教师。蚌埠三中教学质量稳步提高，高考本科达线人数逐年攀升，国家级、省级学科竞赛捷报频传，在社会上享有良好声誉，先后荣获“安徽省文明单位”、“安徽省绿色学校”、“安徽省家教名校”、“安徽省道德示范校”等多项荣誉称号。90多年来学校为社会培养了大批人才，九十多年栉风沐雨，谱写出培桃育李精彩华章。回首过去，三中人自豪骄傲；展望未来，三中人任重道远，我们将承千年淮水文化之底蕴，扬名校之风采，励精图治，开拓创新，进一步提升教师素养，把蚌埠三中建设成教师成长的沃土、学生成才的摇篮、教育科研的基地、区域辐射的中心，建设成为省内外有重要影响力的示范高中。